LigBuilder v2.0仅支持LINUX平台。
程序依赖：
请先安装OpenBabel 2.3.0或更高版本，并确保babel已经在系统执行路径中。是否安装OpenBabel不影响系统主体功能，但缺少该程序将影响输出可视化的设计报告。 (影响模块：自动化模式, 2D聚类, 聚类报告, 合成分析报告)
数据库依赖（可选）：
用户需准备至少一个可购买的分子数据库作为LigBuilderV2.0软件包的合成原料数据库，例如 ACD, ZINC, SPECS 或者别的可以购买到其中分子的数据库。在缺少该数据库的情况下，LigBuilderV2.0会使用一些简单的规则来推测是否是原料分子。
SVG格式支持：
LigBuilder v2.0 输出页面要求浏览器支持SVG格式(Scalable Vector Graphics)。如果您的在输出页面中看不到图片，请安装和使用如下浏览器之一：
支持SVG格式的浏览器：Google Chrome, Safari, Opera( 8.0以上版本), Firefox(1.5以上版本), Internet Explore 9, Flock, Camino, SeaMonkey.
显示器分辨率(可选):
查看输出页面时请将显示器分辨率设置为1280*1024或更高。
环境变量：
请将如下行加入系统环境变量 例如 ~/.bashrc 或 ~/.cshrc 或 ~/.tcshrc.(根据您的系统类型)
ulimit -s unlimited
（因为程序会直接调用"babel"命令，请将OpenBabel路径加入系统路径，并检查在LigBuilder路径中能否成功执行"babel"命令。）
注意：上面两步操作需重新登录shell才能生效
LigBuilder v2.0安装：
在LINUX环境中解压：
tar -xvf LigBuilderV2.tar.gz
配置：
cd LigBuilderV2
./configure
至此创建了"LigBuilderV2"目录并完成了安装过程。该目录下包括如下子目录：
LigBuilder v2.0包括两个可执行模块： CAVITY 和 BUILD.
构建原料数据库(可选):
（注意：如果跳过该步骤，LigBuilder会使用一定规则而不是真实的分子来判断是否原料。强烈推荐用户准备一个足够大的原料数据库来提升合成分析的速度和精度。）
将您准备的原料数据库转换为Mol2格式 并将此文件的路径写入"LigBuilderV2/build/material.input". 请注意：因为LigBuilder使用分子的Title栏来判断分子来源，如果当前分子的title栏无法识别，最好把分子的来源或者名称写在Mol2分子的title栏(例如 ZINC00018471)。分子结构必须完整且合理，并且需要把分子的氢原子加上（包括极性与非极性）。因为分子格式转换时原子类型、键类型经常会出错，请仔细检查。LigBuilder会拒绝导入无法识别或不合理的分子。
构建方法：进入工作目录并执行构建命令(默认路径"LigBuilderV2/build/material.mol2")：
cd LigBuilderV2/build
./build -MatDatabase material.input
现在LigBuilder v2.0已经可以工作了，祝您使用愉快！
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(These web pages are edited by Yaxia Yuan. Latest update: Jan., 2012)